Lembaga Pendidikan (Lemdik) Universitas Muria Kudus dibentuk pada tanggal 20 Juli 2005 berdasarkan Keputusan Rektor Nomor 015/R.UMK/Kep/D.09.12/VII/2005; Lembaga Pendidikan terdiri dari seorang Ketua dengan dibantu oleh satu staf sekretariat. Selain Ketua dan seorang staf sekretariat, terhitung sejak bulan April 2009 telah dibentuk oleh Pimpinan Universitas Tim Pendamping KBK yang mendampingi proses penyusunan dan implementasi KBK untuk masing-masing fakultas (Keputusan Rektor Nomor: 02/AK.UMK/Kep/A.18.01/IV/2009) yang beranggotakan sebagai berikut:

1. Drs. Masluri, M.M. : Fakultas Ekonomi

2. Hidayatullah, S.H., M.Hum. : Fakutas Hukum

3. Dr. Sukiman, M.Pd. : FKIP

4. Ir. Suharijanto, M.P. : Fakultas Pertanian

5. Ir. Masruki Kabib, M.T. : Fakultas Teknik

6. M. Widjanarko, S. Psi., M.Psi : Fakultas Psikolog

           Sampai dengan tahun 2011, kegiatan Lembaga Pendidikan lebih banyak terkonsentrasikan pada perubahan kurikulum dari yang semula berbasis isi menjadi berbasis kompetensi, pada tahun 2015 mulai menggunakan kurikulum pendidikan tinggi berbasis Capaian Pembelajaran (CP). Yang banyak menyita perhatian karena terkait dengan perubahan paradigma, baik dalam hal penyusunan kurikulum, pelaksanaan (proses pembelajaran sampai dengan penilaian), administrasi akademik dan administrasi keuangan.

           Kepemimpinan Lembaga Pendidikan dimulai dari Dr. Ir. Endang Dewi Murrinie, M.P.; Henny Susilowati, S.H., M.H.; Suciningtyas, S.H., M.Hum; Rina Fiati, S.T., M.Cs. dan Dr. Gudnanto, S.Pd., M.Pd., Kons.